Родился 9 января 1944 г. в пос. Цалка, в семье служащих. Грек по национальности. Отец, Афанасий Кузьмич, долгие годы занимал ответственное положение в партийных, советских, хозяйственных органах, ныне персональный пенсионер; мать, Эльпида Саввична, была педагогом, скончалась в возрасте 41 года.
Шота Макаров в 1963 г. окончил тбилисскую 63 среднюю школу, а в 1968 г. — Грузинский политехнический институт, факультет автоматики и вычислительной техники. Получил приглашение на работу в одноименную проблемную лабораторию при ГПИ, что и предопределило его научно-педагогическую карьеру. В институте был ассистентом, старшим преподавателем, с 1980 г. — доцент. Будучи соискателем, подготовил диссертацию на тему «Оптимизация производства и распределения продукции в республиканском АСУ», которую защитил на заседании специализированного совета института 19 октября 1986 г. Ему присуждена ученая степень кандидата технических наук.
Шота Макаров — автор ряда научных работ. Разработанные математические модели оптимизации были применены для составления годовых производственных программ мукомольных и комбикормовых предприятии в Закавказских республиках.
Он имеет семью. Жена, Надежда Апостоловна — врач.
У них двое детей, сын и дочь. В семье общаются на русском языке, владеют и грузинским.