Фотий Нефидов родился 18 января 1947 г. в пос. Цалка, в семье служащего. Грек по национальности. Родители, Николай Саввич и София Авраамовна, на пенсии.
В 1964 г. окончил Цалкскую среднюю школу № 1, спустя 5 лет — факультет кибернетики Тбилисского государственного университета. Работал в НИИ экспериментальной и клинической хирургии Минздрава Грузии, в отделе медицинской кибернетики.
В 1973—1976 гг. учился в аспирантуре Вычислительного центра Академии наук СССР в Москве. Подготовил диссертацию на тему «Построение модели лечения детей с некоторыми заболеваниями органов брюшной полости», которую защитил 18 января 1978 г. на заседании ученого совета Института кибернетики Академии наук Узбекистана. Ему присуждена ученая степень кандидата технических наук.
Фотий Николаевич опубликовал около 45 научных трудов. В частности, следует отметить работу «О погрешностях, связанных с использованием экспертных оценок» (журнал «Биомедицинские вычисления», Лондон, № 2, 1972 г.); научное сообщение, сделанное в 1989 г. на международной конференции в Суздале, «Опыт создания компьютерных систем поддержки решений в клинике детской хирургии» и некоторые другие.
Консультационно-справочные системы, разработанные на микроЭВМ, были внедрены в 6 горбольнице Тбилиси. Они помогают врачам при лечении профильных больных (диагноз, прогноз возможных осложнений, выбор лечебных воздействий И т. Д.). ;
Фотий Нефидов в настоящее время работает старшим научным сотрудником ПИИ информатики и комплексной автоматизации Минздрава Грузии.
Имеет семью. Жена, Мери Николаевна, педагог. Воспитывают троих детей школьников: Николаю 11 лет, Софии 9 лет, Владимиру 7 лет.